首先，对于知道被侵害的判断应当从主客观两个方面结合进行分析，被侵害之日，一种客观存在的侵权事实的发生时间，但权利人是否知道这一时间点应结合患者及案件的实际情况分析。其次，即使损害后果已经发生并为权利人所知晓，亦不能简单地将损害发生日作为诉讼时效的起算点。
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医疗损害诉讼时效的起算时间
首先，对于知道被侵害的判断应当从主客观两个方面结合进行分析，被侵害之日，一种客观存在的侵权事实的发生时间，但权利人是否知道这一时间点应结合患者及案件的实际情况分析。医疗侵权发生之后，其损害后果未必在短期内显现，而是具有一定的隐蔽性和潜伏性，有的长达几年甚至几十年，要求一个普通人在损害后果尚未显现的情况下就主张权利是不符合常理的。
其次，即使损害后果已经发生并为权利人所知晓，亦不能简单地将损害发生日作为诉讼时效的起算点，因为医学知识是十分专业的，不是非专业的普通人所能掌握的，医疗损害案件中损害后果是否为医疗活动所致，医疗行为与发生的损害后果是否具备因果关系并不能为普通患者所迅速感知，只有知道被谁侵害才能确定侵权人从而进行进一步权利的主张，权利人的权利被侵害后不知道因谁所致，则诉讼时效期间应自查清侵权人之日起计算。
医疗损害赔偿案件的诉讼时效
我国《民法通则》规定了民事权利的两类诉讼时效期间，即一般诉讼时效期间为二年和包括“身体受到伤害要求赔偿的”几种特殊情况适用的特殊诉讼时效期间为一年。在通常情况下，医疗机构和患者之间因医疗行为而建立医疗服务合同关系，也就是说，正常情况下医患之间只存在合同法律关系;然而，当医疗机构在医疗行为中违反合同或法定义务给患者造成不合理医疗损害的同时不可避免地会侵害患者的生命、人身和精神健康等合法权益。可见，在不当医疗损害赔偿案件中，存在着违约责任与侵权责任的竞合。
按照我国《合同法》第122条关于请求权竞合时只能选择其中一种请求权的规定，法官在医疗纠纷案件的审判实践中应该允许患者选择更有利于自己的请求权即提起违约之诉或者侵权之诉。因此，只有当患者选择侵权作为诉因即仅以“身体受到伤害”要求医疗机构赔偿时才适用一年的特殊诉讼时效;如果当患者选择违约作为诉因，即以医疗机构违约造成患者人身和精神伤害要求医疗机构赔偿时，可适用二年的一般诉讼时效。否则，如果不分情况只要是因“身体受到伤害要求赔偿的”，就简单地一律适用一年的特殊诉讼时效，不仅不利于保护作为弱者的患者和家属的合法权益，而且可能有适用法律错误之嫌。
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