原则上公司不能直接从员工工资中扣迟到的钱，根据相关规定，公司有证据证明劳动者的相关行为给公司造成了经济损失，这时候可以要求员工承担赔偿责任，赔偿金可以从劳动者工资中扣除，其他情况下扣工资都是违法的。
能不能从工资扣迟到的钱?
公司不能从工资中扣迟到的钱，公司随意扣工资的行为是违法的，除非有证据证明劳动者给公司造成了经济损失，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
《工资支付暂行规定》
第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
加班工资时薪如何计算?
平时晚上的加班费是本人工资的150%，双休日是200%，国定假日是300%。但这只是国家规定的比例，加班费发放额的关键是工资基数。
用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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