起诉离婚分居两年的证明可以通过以下方式进行：
1. 提供居住证明：可以提供租房合同、水电费缴纳证明、居民证明等文件，证明双方在分居期间居住于不同的住所。
2. 提供通信记录：可以提供双方在分居期间的通信记录，如短信、邮件、社交媒体聊天记录等，以证明双方在分居期间没有共同生活。
3. 提供亲友证词：可以请亲友出具证词，证明双方在分居期间没有共同生活，并且双方的婚姻关系已经破裂。
4. 提供银行账单和财务记录：可以提供双方在分居期间的银行账单、财务记录等，以证明双方在分居期间没有共同经济往来。
5. 提供法律文件：如果在分居期间有相关的法律文件，如分居协议、离婚协议等，可以提供这些文件作为证明。
6. 提供其他证据：根据具体情况，还可以提供其他证据，如邻居证词、雇主证明等，以进一步证明双方在分居期间没有共同生活。
在提供这些证据的还应当注意保留相关证据的原件或副本，以备将来使用。建议咨询专业的律师，根据当地法律规定，了解具体的证明要求和程序，以确保证据的有效性和合法性。
